Infračervená mikroskopie s Fourierovou transformací (mikro FT-IR) je jedinou nedestruktivní mikroanalytickou metodou vhodnou pro stanovení organických sloučenin v malířských vrstvách, zejména pojiv. Za tímto účelem jsou s úspěchem kombinována reflexní měření a měření v zeslabené úplné reflektanci (mikro-ATR). Nedestruktivní analýza však nemusí být dostatečná pro úplnou specifikaci pojiv a je třeba využít i mikro-destruktivní metody (např. různé metody na principu chromatografie a hmotové spektroskopie).

V laboratoři ALMA se mikro FT-IR používá ve více oblastech: pro screening pojiv, studium procesů tvorby kovových mýdel v modelových vzorcích i vzorcích z uměleckých děl (pomocí FPA detektoru pro chemické zobrazování - imaging) nebo stanovení krystalochemického složení jílových minerálů v barevné vrstvě (pomocí širokopásmového MCT detektoru). Je také vhodná k analýze novodobých syntetických organických látek nebo k rozlišování podložek miniaturní malby (slonovina, celuloid).